In 1859 kreeg dominee Hugenholtz toestemming van de Gemeente Apeldoorn om achter de Heldringkerk een dodenakker in te richten. De Heldringkerk was het jaar ervoor met Pinksteren ingewijd. Hoenderloo was nog een zeer arme en dunbevolkte gemeenschap waar dominee Heldring in de jaren voorafgaand aan de bouw van de Heldringkerk de kerkelijke gemeente heeft opgezet.
Hoenderloo was de eerste standplaats van het jonge echtpaar Hugenholtz. In hun Hoenderlose jaren hebben zij twee kinderen gekregen. Beiden overleden kort na hun geboorte. Deze kinderen zijn in Hoenderloo begraven, Margaretha Agatha in 1860, Petrus Hermannus Reinhard in 1861. Het graf van de kinderen is nog terug te vinden op de begraafplaats met nummer I-4.
Op het oudste deel van de begraafplaats vanaf de ingang aan de Heldrinkerk-zijde zijn meerdere belangrijke personen voor het dorp uit de beginjaren begraven, zoals de eerste onderwijzer van het dorp, Bernardus Gangel.
Op de begraafplaats zijn meerdere graven te vinden van domineesechtparen die het dorp Hoenderloo en de kerkelijke gemeente vele jaren hebben gediend in het ambt, zoals het echtpaar Van Maanen. Ds. van Maanen stond als dominee in Hoenderloo van 1931 tot 1950.
Tot 2002 is de begraafplaats onderdeel geweest van de Diaconie van de Hervormde Gemeente in Hoenderloo. In 2002 is de begraafplaats ondergebracht in een aparte stichting, met als doel de begraafplaats te behouden voor de inwoners van Hoenderloo en Hoog Baarlo.
Vanuit de doelstelling houdt het bestuur strikt vast aan het uitgangspunt dat de begraafplaats alleen bestemd is voor overledenen uit Hoenderloo en Hoog Baarlo. In uitzonderingssituaties wordt toestemming gegeven voor een ter aarde bestelling of bijzetting van de asbus van een overledene van buiten het dorp, maar alleen indien er aanwijsbaar een langdurige sociale binding met Hoenderloo of Hoog Baarlo is geweest.
In 2002 is ook het naastgelegen weiland gekocht voor toekomstige uitbreiding van de begraafplaats. In 2015 is het nieuwe gedeelte ingericht als begraafplaats, en in 2019 is het eerste graf uitgegeven.